├── 1_within_sample
│ ├── e18_mouse_brain_fresh_5k_filtered_feature_bc_matrix.h5
│ ├── eval_out
│ │ ├── crossboth_percell_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crossboth_perpeak_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crossboth_pred.npy
│ │ ├── crosscell_impute.h5ad
│ │ ├── crosscell_percell_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosscell_perpeak_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosscell_pred.npy
│ │ ├── crosscell_umap.pdf
│ │ ├── crosspeak_percell_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosspeak_perpeak_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosspeak_pred.npy
│ │ ├── denoise_impute.h5ad
│ │ └── denoise_umap.pdf
│ ├── m_brain_paired_atac.h5ad
│ ├── m_brain_paired.h5ad
│ ├── m_brain_paired_rna.h5ad
│ ├── rna_pc32_lowRes.h5ad
│ ├── train_data
│ │ ├── ad_crosscell.h5ad
│ │ ├── ad_crosspeak.h5ad
│ │ ├── ad.h5ad
│ │ ├── ad_test.h5ad
│ │ ├── ad_trainval.h5ad
│ │ ├── all_seqs.h5
│ │ ├── m_crosscell.npz
│ │ ├── m_crosspeak.npz
│ │ ├── m_test.npz
│ │ ├── m_trainval.npz
│ │ ├── peaks.bed
│ │ ├── peaks_test.bed
│ │ ├── peaks_trainval.bed
│ │ ├── splits.h5
│ │ ├── test_seqs.h5
│ │ └── trainval_seqs.h5
│ ├── train_out
│ │ ├── E1000best_CrossBothTrain_peakembedWB.h5
│ │ ├── E1000best_model.h5
│ │ ├── epoch_model
│ │ ├── history.pickle
│ │ └── train_history_plot.pdf
├── 2_cross_samples
│ ├── eval_out
│ │ ├── crosssamples_impute.h5ad
│ │ ├── crosssamples_percell_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosssamples_perpeak_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosssamples_pred.npy
│ │ └── crosssamples_umap.pdf
│ ├── s1d1_s2d1.h5ad
│ ├── test_atac.h5ad
│ ├── test_data
│ │ ├── ad.h5ad
│ │ ├── all_seqs.h5
│ │ ├── m.npz
│ │ └── peaks.bed
│ ├── test_rna_harmony.h5ad
│ ├── train_atac.h5ad
│ ├── train_data
│ │ ├── ad_crosscell.h5ad
│ │ ├── ad_crosspeak.h5ad
│ │ ├── ad.h5ad
│ │ ├── ad_test.h5ad
│ │ ├── ad_trainval.h5ad
│ │ ├── all_seqs.h5
│ │ ├── m_crosscell.npz
│ │ ├── m_crosspeak.npz
│ │ ├── m_test.npz
│ │ ├── m_trainval.npz
│ │ ├── peaks.bed
│ │ ├── peaks_test.bed
│ │ ├── peaks_trainval.bed
│ │ ├── splits.h5
│ │ ├── test_seqs.h5
│ │ └── trainval_seqs.h5
│ ├── train_out
│ │ ├── E1000best_model.h5
│ │ ├── history.pickle
│ │ └── train_history_plot.pdf
│ └── train_rna_harmony.h5ad
├── 3_cross_species
│ ├── eval_out
│ │ ├── crosssamples_impute.h5ad
│ │ ├── crosssamples_percell_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosssamples_perpeak_aucprc_scatterplot.pdf
│ │ ├── crosssamples_pred.npy
│ │ └── crosssamples_umap.pdf
│ ├── ISM_results
│ │ ├── all_peaks_ism.npy
│ │ ├── peak0_ism.npy
│ │ └── peak_coordinates.txt
│ ├── m1d1_atac.h5ad
│ ├── m1d1_peaks.bed
│ ├── m1d1_rna_harmony.h5ad
│ ├── MEF2C.csv
│ ├── mop3c2_atac.h5ad
│ ├── mop3c2_rna_harmony.h5ad
│ ├── test_data
│ │ ├── ad.h5ad
│ │ ├── all_seqs.h5
│ │ ├── m.npz
│ │ └── peaks.bed
│ ├── train_data
│ │ ├── ad_crosscell.h5ad
│ │ ├── ad_crosspeak.h5ad
│ │ ├── ad.h5ad
│ │ ├── ad_test.h5ad
│ │ ├── ad_trainval.h5ad
│ │ ├── all_seqs.h5
│ │ ├── m_crosscell.npz
│ │ ├── m_crosspeak.npz
│ │ ├── m_test.npz
│ │ ├── m_trainval.npz
│ │ ├── peaks.bed
│ │ ├── peaks_test.bed
│ │ ├── peaks_trainval.bed
│ │ ├── splits.h5
│ │ ├── test_seqs.h5
│ │ └── trainval_seqs.h5
│ └── train_out
│ ├── E1000best_model.h5
│ ├── epoch_model
│ ├── history.pickle
│ └── train_history_plot.pdf
├── 4_pred_newCondition
│ ├── analysis_out
│ │ └── tf_activity.h5ad
│ ├── covid_rna_harmony.h5ad
│ ├── Homo_sapiens.meme
│ ├── motif_fasta
│ │ ├── ref_peaks1000.fasta
│ │ ├── shuffled_peaks.fasta
│ │ ├── shuffled_peaks.h5
│ │ └── shuffled_peaks_motifs
│ │ ├── ALX1.fasta
│ │ ├── ALX1.h5
│ │ ├── ALX3.fasta
│ │ ├── ...(other motifs)
│ ├── pbmc10k_atac.h5ad
│ ├── pbmc10k_rna_harmony.h5ad
│ ├── train_data
│ │ ├── ad_crosscell.h5ad
│ │ ├── ad_crosspeak.h5ad
│ │ ├── ad.h5ad
│ │ ├── ad_test.h5ad
│ │ ├── ad_trainval.h5ad
│ │ ├── all_seqs.h5
│ │ ├── m_crosscell.npz
│ │ ├── m_crosspeak.npz
│ │ ├── m_test.npz
│ │ ├── m_trainval.npz
│ │ ├── peaks.bed
│ │ ├── peaks_test.bed
│ │ ├── peaks_trainval.bed
│ │ ├── splits.h5
│ │ ├── test_seqs.h5
│ │ └── trainval_seqs.h5
│ └── train_out
│ ├── E1000best_model.h5
│ ├── epoch_model
│ ├── history.pickle
│ └── train_history_plot.pdf
└── quick_start
├── train_data
│ ├── ad_crosscell.h5ad
│ ├── ad_crosspeak.h5ad
│ ├── ad.h5ad
│ ├── ad_test.h5ad
│ ├── ad_trainval.h5ad
│ ├── all_seqs.h5
│ ├── m_crosscell.npz
│ ├── m_crosspeak.npz
│ ├── m_test.npz
│ ├── m_trainval.npz
│ ├── peaks.bed
│ ├── peaks_test.bed
│ ├── peaks_trainval.bed
│ ├── splits.h5
│ ├── test_seqs.h5
│ └── trainval_seqs.h5
└── train_out
├── E1000best_model.h5
├── epoch_model
├── history.pickle
└── train_history_plot.pdf